Wouter Dekoninck studeerde orgel en klavecimbel aan het Lemmensinstituut te Leuven, waar hij ook specialiseerde voor orgel en afstudeerde met grootste onderscheiding. Hij won tal van orgel- en compositiewedstrijden en concerteert zowel solistisch als in samenwerking met verschillende ensembles op internationale podia. Hij is organist-titularis van het historische Pencelerorgel (1714) in de Leuvense Sint-Geertruikerk.

Met zijn barok ensemble, Hildebrandt Consort, voert hij vooral muziek van de laatbarok uit, vaak met het accent op Johann Sebastian Bach. Onder zijn leiding ontwikkelde Hildebrandt Consort een geheel unieke klank en een uitzonderlijk repertoire, dat hij creëerde door het maken van eigen composities en nieuwe transcripties van oude muziek, waarbij de principes van de oorspronkelijke componist worden gerespecteerd. Daarmee slaat hij met het ensemble een geheel vernieuwende weg in, in de wereld van de oude muziek.